Вы можете использовать
re.sub(r"(?<=\.)0+", "", "21006.08.094.000196")
Это соответствует одному или нескольким нулям, но только , если им сразу предшествует литерал .
. Сам по себе .
не является частью совпадения, поэтому вы можете заменить нули на пустую строку.