Я думаю, что вы плохо понимаете разницу между «добавить» и «обновить». Вспомогательная команда субмодуля является вспомогательным инструментом. Файл .gitmodules содержит примечания о том, где что-то найти. Когда вы сначала git submodule add репо, он обновляет свои заметки, а затем делает обычный gitsubmodule init, чтобы загрузить локальную конфигурацию и git submodule update, чтобы клонировать / извлечь для вас. Вам нужно только один раз добавить подмодуль в свои примечания к модулям, после чего вы инициируете один раз для каждого клона, чтобы загрузить настраиваемые настройки из этих заметок, после чего вы делаете любую настройку (обычно не требуется) и обновляете по мере необходимости.