Условие ИЛИ будет игнорировать использование индексов. Поэтому, если у вас есть следующие индексы -
t1 (A, B)
t2 (A, C)
Вы можете попробовать выполнить запрос ниже с предложением UNION ALL -
SELECT t1.A, t2.B, t1.C, t1.D, t2.E
FROM t1 LEFT JOIN t2 ON t1.A=t2.A
UNION ALL
SELECT t1.A, t2.B, t1.C, t1.D, t2.E
FROM t1 LEFT JOIN t2 ON t1.B=t2.C;
Этот запрос будет использовать индекс и может выполняться быстрее.