Матрицы как модели, так и проекции всегда активны, т. Е. Позиции нарисованных вами вершин умножаются на обе.
glMatrixMode влияет только на то, какая матрица изменяется при вызове функций, связанных с матрицей ( glLoadIdentity|Rotate|Translate и др. c). Они всегда изменяют одну из двух матриц, а не обе.