Вы можете написать несколько вещей в строке, и вы можете перенаправить вывод всего l oop в файл:
for file in *txt
do
echo -n $file' '
cat "$file" | sed '/^\s*#/d' | wc -l
done > output.txt
Также вы можете сократить обработку файла до:
egrep -v '^\s*#' "$file" | wc -l