Я запускаю много ассоциаций по всему геному подряд, используя функцию GWAS () в пакете rrBLUP в R. Есть опция plot = TRUE, которая сначала генерирует QQ-график, затем Манхэттенский график. Я хотел бы сохранять только график QQ после каждого запуска, прежде чем очистить большие кадры данных, но я не могу понять, как это сделать. Думаю, я не понимаю, где хранятся участки. Я вижу их в окне Plot в RStudio, но не хочу вручную экспортировать их оттуда после каждого запуска.
Спасибо!
library(rrBLUP)
phenos <- read.table("phenos1.txt")
genos <- readRDS("genos1.rds")
gwas_output <- GWAS(pheno = phenos, geno = genos, fixed=NULL, n.PC=0, min.MAF=0.05, P3D=TRUE, plot=TRUE)
write.csv(gwas_output, "test1.csv")
rm(list=ls())
phenos <- read.table("phenos2.txt")
genos <- readRDS("genos2.rds")
gwas_output <- GWAS(pheno = phenos, geno = genos, fixed=NULL, n.PC=0, min.MAF=0.05, P3D=TRUE, plot=TRUE)
write.csv(gwas_output, "test2.csv")
rm(list=ls())