Сохранение графиков, созданных в rrBLUP GWAS - PullRequest
0 голосов
/ 24 апреля 2020

Я запускаю много ассоциаций по всему геному подряд, используя функцию GWAS () в пакете rrBLUP в R. Есть опция plot = TRUE, которая сначала генерирует QQ-график, затем Манхэттенский график. Я хотел бы сохранять только график QQ после каждого запуска, прежде чем очистить большие кадры данных, но я не могу понять, как это сделать. Думаю, я не понимаю, где хранятся участки. Я вижу их в окне Plot в RStudio, но не хочу вручную экспортировать их оттуда после каждого запуска.

Спасибо!

library(rrBLUP)

phenos <- read.table("phenos1.txt")
genos <- readRDS("genos1.rds")
gwas_output <- GWAS(pheno = phenos, geno = genos, fixed=NULL, n.PC=0, min.MAF=0.05, P3D=TRUE, plot=TRUE)
write.csv(gwas_output, "test1.csv")
rm(list=ls())

phenos <- read.table("phenos2.txt")
genos <- readRDS("genos2.rds")
gwas_output <- GWAS(pheno = phenos, geno = genos, fixed=NULL, n.PC=0, min.MAF=0.05, P3D=TRUE, plot=TRUE)
write.csv(gwas_output, "test2.csv")
rm(list=ls())
Добро пожаловать на сайт PullRequest, где вы можете задавать вопросы и получать ответы от других членов сообщества.
...