Добавление столбцов ошибок из ANOVA + postho c Тьюки в линейный график в R (ggplot2) - PullRequest
Новая
       112

Добавление столбцов ошибок из ANOVA + postho c Тьюки в линейный график в R (ggplot2)

0 голосов
/ 03 апреля 2020

Я пытаюсь добавить строки ошибок из анализа ANOVA с пост-хо Тьюки c к моему линейному графику в R, используя ggplot2. Заранее спасибо, и я рад опубликовать любую дополнительную информацию, которая поможет мне решить эту проблему!

Вот мой код: 

#### ANOVA ####
aov_CW <- aov(CW ~ Subject, data = VisualAcuity)
summary(aov_CW)
model.tables(aov_CW, "means")

#### Tukey HSD post-hoc Test ####
TukeyHSD(aov_CW, conf.level = 0.95)

#### Line Plot ####

VisualAcuity$Subject <- as.factor(VisualAcuity$Subject)
VisualAcuity$Day <- as.factor(VisualAcuity$Day)
ggplot(data=VisualAcuity, aes(x=Day, y=CW, group = Subject)) +
  geom_line(size=1, aes(color = Subject)) +
  geom_point(size=2, shape=21, aes(color = Subject, fill = Subject)) +
  ylim(0, max(1)) + ylab ('Visual Acuity (CW)') +
  geom_errorbar(aes(ymin = CW - se, ymax = CW + se))

Sample data for question

1 Ответ

1 голос
/ 03 апреля 2020

Значения, полученные с помощью TukeyHSD, предназначены для парных сравнений и, следовательно, не могут быть нанесены на график, который вы указали ранее.

Однако, есть подход для добавления стандартной ошибки sd/sqrt(n) баров с dplyr. Очевидно, что вы не можете добавить полосы ошибок для одного наблюдения, поэтому я расширил ваш набор данных несколькими случайными числами. 

library(dplyr)
library(ggplot2)
VisualAcuity$Subject <- as.factor(VisualAcuity$Subject)
VisualAcuity$Day <- as.factor(VisualAcuity$Day)

VisualAcuity %>% 
  dplyr::group_by(Day,Subject) %>% 
  dplyr::summarize(Mean = mean(CW),std_err = sd(CW)/sqrt(n()), n = n()) %>%
ggplot(aes(x=Day, y=Mean, color = Subject, group = Subject)) +
  geom_line(size=1,) +
  geom_point(size=2, shape=21, aes(fill = Subject)) +
  ylim(0, max(1)) + ylab ('Visual Acuity (CW)') +
  geom_errorbar(aes(ymin = Mean - std_err, ymax = Mean + std_err))

enter image description here

Данные 

VisualAcuity <- structure(list(Subject = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 
3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 4L, 
4L, 4L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L), .Label = c("1", 
"2", "3", "4"), class = "factor"), Day = structure(c(1L, 2L, 
3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 
1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 
2L, 3L), .Label = c("1", "2", "3"), class = "factor"), CW = c(0.528, 
0.56, 0.486, 0.436, 0, 0.525, 0.622, 0.6, 0.522, 0.453, 0.5, 
0.494, 0.566, 0.606, 0.56, 0.509, 0.054, 0.593, 0.645, 0.668, 
0.56, 0.51, 0.508, 0.533, 0.518, 0.502, 0.413, 0.412, 0.042, 
0.431, 0.582, 0.508, 0.435, 0.368, 0.417, 0.485)), row.names = c(NA, 
-36L), class = "data.frame")
...