Каждый граф в ConjunctiveGraph имеет свой собственный идентификатор - независимо от того, установлен он явно или нет. Просто обновите нужный вам график и экспортируйте их по отдельности.
Если вы хотите сделать что-то более сложное, чем это, например, отслеживать, где новые данные, которые вы создали, возможно, в графике по умолчанию (безымянный график вы получите автоматически), вам нужно будет использовать какой-то другой метод отслеживания троек. Посмотрите «reification» для того, чтобы аннотировать тройки с дополнительной информацией.