Обновление работает нормально, как предложено @marc_s, обновление не было выполнено из-за пространства имен. После явного упоминания пространства имен обновление работает нормально, к сожалению, мы не можем использовать точное пространство имен.
Обновленный код приведен ниже.
with xmlnamespaces(default '<URLOfNameSpace>')
UPDATE
ProfileXmlValues
SET
XmlValue.modify('replace value of (/ReimbursementProfile/Communication/EventTypes/EventType[Id=102]/IsEnabled[. != "true"]/text())[1] with ("true")')
WHERE
and XmlValue.exist ('/ReimbursementProfile/Communication/EventTypes/EventType[Id=102]/IsEnabled[. != "true"]') = 1;