Вам необходимо получить PID процесса, затем вы можете отправить сигнал через os.kill
:
import os
import signal
os.kill(<pid>, signal.SIGINT) #SIGINT is CTRL-C
PID из объекта QProcess
вы получите с помощью:
pid = self.process.processId()
РЕДАКТИРОВАТЬ : на Windows, заменить SIGINT на CTRL_C_EVENT