Если вы каждый создаете проект с нуля, вы по крайней мере получите разные GUID, если предположить, что это тип проекта, который требует GUID. GUID устанавливается во время создания проекта, поэтому, если один из вас создаст проект, а затем вы поделитесь проектом, разницы в двоичных файлах не будет. В GUIDs AFAIK нет идентифицируемой информации.