Невозможно установить mpi4py с помощью conda И указать предустановленный путь mpi cc - PullRequest
Новая
       88

Невозможно установить mpi4py с помощью conda И указать предустановленный путь mpi cc

1 голос
/ 03 апреля 2020

Я попытался установить mpi4py с: 

env MPICC=path/to/openmpi/bin/mpicc conda install -c anaconda mpi4py

Но я получаю это сообщение: 

The following NEW packages will be INSTALLED:
  mpi                anaconda/linux-64::mpi-1.0-mpich
  mpi4py             anaconda/linux-64::mpi4py-3.0.3-py37h028fd6f_0
  mpich              anaconda/linux-64::mpich-3.3.2-hc856adb_0

, которое, кажется, показывает, что "MPICC = путь / к / openmpi / bin / mpi cc "был проигнорирован.

Действительно, после установки mpi4py с mpich и попытки запустить следующий простой код с mpirun -n 2 python mpi4pyTest.py: 

from mpi4py import MPI
comm = MPI.COMM_WORLD
size = comm.Get_size()
rank = comm.Get_rank()
print('Hello from processor {} of {}'.format(rank+1,size))

Выходные данные is: 

Hello from processor 1 of 1
Hello from processor 1 of 1

Как мне заставить conda связать mpi4py с моим собственным mpi cc? Его расположение настраивается в переменной среды PATH, а также в LD_LIBARY_PATH.

С уважением.

1 Ответ

1 голос
/ 03 апреля 2020

conda install извлекает скомпилированные двоичные пакеты и их зависимости из хранилища. Если вы хотите, чтобы mpi4py был собран с вашей собственной реализацией MPI, используйте pip вместо установки из исходного кода. Вы можете использовать pip со средами Conda.

Редактировать для завершения

Либо удалить все пакеты, используя conda remove, а затем установить mpi4py, используя pip (указав MPI CC переменная среды для вашего MPI C complier), ИЛИ начать с новой среды.

...