Самый простой, самый безболезненный способ сделать это, если это возможно, это использовать подмодуль с символическими ссылками. Это делает обновление максимально простым. Тем не менее, это может быть невозможно не во всех случаях, поэтому есть и другие вещи, которые вы можете попробовать.
Вы можете взять репозиторий и объединить его с репозиторием проекта с --allow-unrelated-histories
. Если вам нужно внести дополнительные изменения, вы можете затем добавить дополнительные изменения из репозитория шаблонов.
Обратите внимание, что это будет работать плохо, если у вас уже есть файлы с такими же именами в репозитории проекта, так что вы можете хочу этого избежать.