Это то, как я заставил его работать, что-то вроде джанки имо. Он не вызывает интерпретатор python, как я изначально хотел, но выполняет скрипт py, включающий аргументы:
# set the arguments beforehand
sys.argv = [os.path.join(wd,"tests","errorMessage.py"), vArguments]
# execute the script, but also bring in globals so imported modules are there
exec(open(os.path.join(wd,"tests","errorMessage.py")).read(), globals())
Кажется, что Pyinstaller работает после всей этой сделки .. омг ...