Чтобы реализовать ваши требования, вам нужно сначала представить API в вашем AAD Web API. 
Затем go в приложении AAD, которое использовалось для запроса токена, добавьте к нему разрешение. 

Нажмите кнопку «Предоставить согласие администратора для *». 
После этого мы можем успешно запросить токен доступа (ниже приведен пример использования поток паролей для справки)
В приложении Web API необходимо проанализировать токен доступа и получить разрешение области действия из токена доступа. А затем определите, есть ли у запроса разрешение.