Я думаю, что ваша проблема не в сертификатах, а в конфигурации Nginx. Я советую вам проводить рассуждения не по Ip, а по домену.
У вас есть сервер и два домена: domain1.com & domain2.org.
Так что эти два домена могут указывать в том же приложении вам просто нужно создать два Vhosts в Nginx с необходимой конфигурацией. (Простой, без Https)
Чтобы добавить сертификаты https, вам просто нужно выполнить процедуру Let's Encrypt для каждого вашего Vhost.
Я советую вам go для Certbot, если вы не удобны с Nginx. Этот сценарий сделает всю работу за вас без проблем.
Теперь вам все ясно?
Надеюсь, что вам помог немного, добрый вечер;)