Поскольку это крайне раздражает тех, кто использует эту функцию (например, нас), я оставлю свои выводы здесь:
Открытие консоли показало, что существует проблема с форматом, так как не запрашивает разрешение на открытие собственного приложения, так как оно что-то тормозит в политике безопасности контента при попытке перенаправить на следующую ссылку: whatsapp: // send /? phone =
РЕШЕНИЕ:
ИСПОЛЬЗОВАТЬ ФОРМАТ СИСТЕМЫ ТАМОЖЕННОГО URL - whatsapp: // send /? Phone = & text & source & data
С этим браузер сможет запрашивать разрешение на открытие родного приложения. Если вы принимаете все работает гладко.