Вместо импорта dist вам необходимо импортировать pdist или cdist в соответствии с вашими требованиями согласно документации SciPy:
pdist (X [, метрика])
Парные расстояния между наблюдениями в n -мерное пространство.
cdist (XA, XB [, метрика])
Вычислить расстояние между каждой парой из двух наборов входных данных.