Вы можете удалить ApplicationParts, используя приведенный ниже код, пожалуйста, попробуйте и дайте мне знать.
public void ConfigureServices(IServiceCollection services)
{
services.AddControllers()
.ConfigureApplicationPartManager(o =>
{
o.ApplicationParts.Clear();
o.ApplicationParts.Add(new AssemblyPart(typeof(Startup).Assembly);
});
}