Я обычно устанавливаю альфа-канал на 0 для шипов и панелей и, наконец, убираю галочки:
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
# Create figure
plt.style.use('dark_background') # Dark theme
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
# Make panes transparent
ax.xaxis.pane.fill = False # Left pane
ax.yaxis.pane.fill = False # Right pane
# Remove grid lines
ax.grid(False)
# Remove tick labels
ax.set_xticklabels([])
ax.set_yticklabels([])
ax.set_zticklabels([])
# Transparent spines
ax.w_xaxis.line.set_color((1.0, 1.0, 1.0, 0.0))
ax.w_yaxis.line.set_color((1.0, 1.0, 1.0, 0.0))
ax.w_zaxis.line.set_color((1.0, 1.0, 1.0, 0.0))
# Transparent panes
ax.w_xaxis.set_pane_color((1.0, 1.0, 1.0, 0.0))
ax.w_yaxis.set_pane_color((1.0, 1.0, 1.0, 0.0))
# No ticks
ax.set_xticks([])
ax.set_yticks([])
ax.set_zticks([])