Есть ли способ подключить приложение Azure Active Directory к хранилищу ключей для доступа к сертификату вместо загрузки файла сертификата в разделе Certificate & Secrets на портале Azure?
Нет. У учетных данных сертификата в AAD всегда есть ключ publi c в основном объекте Application / Service. Ссылка на сертификат в хранилище ключей невозможна.