Gradle имеет внутренний Groovy, который он использует для запуска самого Gradle. Объявление зависимости компиляции от Groovy не изменит этого. Чтобы изменить внутреннюю версию Groovy, я знаю только один способ - go указать каталог lib установленного Gradle и заменить там groovy jar.
Но я не советую этого делать. Вы можете увидеть побочные эффекты. Groovy 3 содержит критические изменения, и я не знаю, влияют ли они на Gradle. Некоторые из них повлияли на Grails, поэтому у нас уже есть 3.0.2, несмотря на то, что 3.0 довольно нов. Это только для того, чтобы заставить производителей библиотек прекратить делать то, что они (создатели API Java) объявили неверными, и предупредить, что в какой-то момент они будут применять это. Но JDK11 - еще не тот момент.