Из командной строки должно быть:
from app1.models import Class1
# без точек перед приложением app1 или app2.
from app2.models import Class2
В этом случае на Django командная строка, вы должны быть в папке проекта, чтобы он работал.
Если где-то еще:
from project.app1.models import Class1
Вы можете проверить, где вы находитесь:
import os
cwd = os.getcwd()
print(cwd)
if cwd == 'any path':
os.chdir('my_projectpath')
cwd = os.getcwd()
print(cwd)
from app1.models import Class1`