Каков минимально необходимый файл для создания .yaml из .nw в newchem? - PullRequest
Новая
       25

Каков минимально необходимый файл для создания .yaml из .nw в newchem?

0 голосов
/ 12 марта 2020

Я использую nwchem (с powershell, как описано в https://docs.microsoft.com/en-us/quantum/libraries/chemistry/installation) для генерации .yamls, чтобы я мог выполнить оценку ресурсов с помощью q #.

Я успешно преобразовал предоставленный пример С помощью этого метода файл .nw добавляется в yaml, и я включил ниже .nw 

start n2_0_75Re_sto3g

echo

geometry units bohr
symmetry c1
  n 0 0   -0.7755
  n 0 0    0.7755
end

basis 
 * library sto-3g
end

scf
thresh 1.0e-10
tol2e 1.0e-10
singlet
rhf
end

tce
2eorb
2emet 13
tilesize 1
ccsd
thresh 1.0e-6
nroots 1
end

set tce:print_integrals T
set tce:qorb 10
set tce:qela  7
set tce:qelb  7

task tce energy

mcscf
  active  10
  actelec 14
  multiplicity 1
end

task mcscf

Я хотел бы лучше понять, как сделать свою собственную для другой молекулы. Используя код, предоставленный в учебнике nwchem - https://github.com/nwchemgit/nwchem/wiki/Getting-Started#simple -input-file ---- scf-geometry-оптимизация - где они предоставляют предполагаемую минимальную информацию для запуска чего-либо на nwchem: 

title "Nitrogen cc-pvdz SCF geometry optimization"
 geometry  
   n 0 0 0
   n 0 0 1.08
 end
 basis
   n library cc-pvdz
 end
 task scf optimize

Кажется, что это успешно проходит через nwchem, но ошибки перед генерацией yaml: 

File "/opt/nwchem/contrib/quasar/export_chem_library_yaml.py", line 298, in <module>
    main()
  File "/opt/nwchem/contrib/quasar/export_chem_library_yaml.py", line 291, in main
    emitter_yaml_func()
  File "/opt/nwchem/contrib/quasar/export_chem_library_yaml.py", line 283, in emitter_yaml_func
    data = extract_fields()
  File "/opt/nwchem/contrib/quasar/export_chem_library_yaml.py", line 142, in extract_fields
    if geometry is None:

Я хочу использовать http://www.cheminfo.org/Chemistry/Cheminformatics/FormatConverter/index.html для генерации геометрических координат молекулы, и у меня есть файл .nw, в который я могу вставить геометрию. После игры я часто сталкиваюсь с ошибками, подобными приведенным выше, которые, по-видимому, определяют c на последнем этапе преобразования вывода в yaml.

Любая помощь будет принята с благодарностью!

1 Ответ

0 голосов
/ 09 апреля 2020

Компонент Tensor Contraction Engine (TCE) в NWChem необходимо настроить для вывода файлов Broombridge (quasar компонент NWChem, задокументированный в contrib/quasar/README.md в NWChem репозиторий ). Используя пример на https://docs.microsoft.com/quantum/libraries/chemistry/samples/end-to-end: 

set tce:print_integrals T
set tce:qorb 18
set tce:qela  9
set tce:qelb  9

Добавление этих инструкций к вашей входной деке должно позволить вывести Broombridge. Для получения дополнительной информации см. Листинг 7 из arXiv: 1904.01131 .

...