Вам необходимо использовать git mv
.
Например, если вы хотите переместить file1 из folder1 в folder2 вам нужно перейти к folder1 и запустить
git mv file1 ../folder2/file1
Вы можете сделать то же самое с папкой. Допустим, вы хотите переместить folder1 в folder2 , вам нужно перейти в папку, содержащую folder1 и запустить
git mv folder1 folder2
Вы можете использовать ту же команду для переименования файлов, указав в качестве второго аргумента новое имя файла.
git mv file1 newFileName1
После того, как вы закончили с перемещением / переименованием файлов, вам нужно зафиксировать только перемещение / переименование файлы / папки, потому что в противном случае вы потеряете историю.