Это может быть потому, что оба входа имеют одинаковый атрибут имени. Каждый флажок является уникальным элементом ввода, и, как правило, каждый из них имеет свое собственное значение для атрибута имени. Я не совсем уверен, но наличие двух входов с одинаковыми именами может привести к непредсказуемому поведению в браузерах.
Так же, как заголовок, вы также можете упростить способ написания этого кода, используя строковая переменная, встроенная, например, так:
$question = 'foo';
$disabled = $question ? 'disabled' : ''
echo '<input type="checkbox" class="someone" name="any" '.$disabled.'>';
Еще лучше, лучше отделить ваш HTML от вашего PHP, например, так:
<?php
$question = 'foo';
$disabled = $question ? 'disabled' : '';
?>
<input type="checkbox" class="someone" name="any" <?php echo $disabled; ?>>