Вашему приложению потребуется, чтобы уникальные AppID отображались как отдельные приложения в AppStore - таким образом, требуются отдельные сертификаты.
Полагаю, вы сможете установить оба приложения на iPad одновременно, что подчеркивает необходимость двух отдельных AppId и отдельных сертификатов push-уведомлений.