Я столкнулся с потерей файлов, которые тоже не были зафиксированы, и единственное решение для их извлечения - не полагаться на git, а скорее на что-либо еще, что может отменить действие удаления файлов.
В моем случае отмена действий (под этим я имею в виду CMD + Z) в моей IDE восстановила файлы (я использовал RubyMine).
Удачи!