Вам необходимо скомпилировать исходный файл Java обратно в файл класса. Возможно, самый простой способ - декомпилировать весь проект, внести изменения, а затем перекомпилировать его (возможно, вручную заменив только этот конкретный jar-файл).
Но имейте в виду, что циклическое отключение таким способом не является 100% -ным доказательством. Особенно, если есть запутывание. Тем не менее, это может работать, и я делал это успешно в прошлом. YMMV.