Отдельные AWS учетные записи - это лучшая практика (когда архитектура этого заслуживает). Вторичным решением могло бы быть наличие его в отдельных регионах, а третичным решением было бы просто иметь его в одном и том же регионе, но, по крайней мере, в отдельном VP C, очевидно, каждый раз теряя некоторые преимущества безопасности.
В терминах чтобы настроить его - поскольку вы не упомянули о сетевом подключении - я надеюсь, что вы для краткости его опустили, но определенно стоит настроить VP C с частными подсетями для размещения вашей базы данных и только для вашего экземпляра EC2 связаться с экземпляром RDS напрямую. Общедоступная база данных через inte rnet - нет-нет. ( детали )
Что касается вашего стека (он у вас есть) - сделайте резервную копию вашего EC2 / RDS (снимок, снимок rds) - скопируйте их по региону / учетной записи, если это необходимо и раскрутить клонов. Заставьте код знать, в какой среде он работает, и определите конечные точки на его основе. Вы не предоставили много подробностей о nginx стороне вещей, но если это также EC2, промойте и повторите.
PS: Если вы думаете, что вы могли бы делать это чаще, подумайте о создании CloudFormation составьте план вашей среды, чтобы при необходимости вы могли создать еще один стек, который раскроет вам новую среду.
Удачи!