Вы можете использовать функцию abs ()
<xsl:value-of select="format-number(abs(cbc:TaxAmount),'#,##0.00', 'us')"/>
Вы можете использовать оператор if
<xsl:choose>
<xsl:when test="cbc:TaxAmount < 0">
<xsl:value-of select="format-number(cbc:TaxAmount * -1,'#,##0.00', 'us')"/>
</xsl:when>
<xsl:otherwise>
<xsl:value-of select="format-number(cbc:TaxAmount,'#,##0.00', 'us')"/>
</xsl:otherwise>
</xsl:choose>