Чтобы ответить на ваши вопросы:
1. Является ли Visual Studio единственной IDE, разработанной для Windows Mobile (если нет, каковы альтернативы)?
A. Не делая вещи действительно сложными для себя. Нет, Visual Studio - ваш единственный реальный выбор.
2.Какую версию предлагаемой IDE мне следует использовать?
A. Для Visual Studio 2008 вам потребуется Professional или Team System Edition
3. Есть ли бесплатная версия этой IDE, которая может сделать работу?
A. Нет, бесплатную версию Visual Studio (Express) нельзя использовать для разработки под Windows Mobile.