Более 1K колонок не звучит разумно, по крайней мере, я едва ли могу представить себе сценарий, в котором это было бы желательно. Я подозреваю, что другое моделирование данных, такое как EAV или, возможно, использование базы данных No sql, такой как MongoDB, может быть решением для вас в зависимости от ваших требований.
Другим решением будет хранение данные в нескольких таблицах с отношениями один к одному. Вы не дали никаких подробностей о своей цели, но то, что вы пытаетесь сделать, звучит как плохая идея Но у EAV тоже есть подводные камни.
Если вы добавите больше деталей к вопросу, возможно, мы сможем предложить лучшие идеи.