Вы можете временно добавить пути ко всем папкам, содержащим модули python, которые вы хотите импортировать в sys.path. Например, у вас есть модуль python с именем file1.py в папке folder1, расположенной в родительском каталоге вашего рабочего каталога, вы можете импортировать его следующим образом:
import sys
sys.path.append("../folder1")
sys.path.append("../folder2")
import file1
import file2