Нашли его Нужно сделать новую модель, а для версий нужно получить SchemaRegistry:
ModelProto model_proto1;
model_proto1.set_ir_version(IR_VERSION);
OperatorSetIdProto* op_set_id = model_proto1.add_opset_import();
op_set_id->set_domain("");
op_set_id->set_version(12);
model_proto1.set_allocated_graph(new GraphProto(graph.ToGraphProto()));
IOnnxRuntimeOpSchemaRegistryList local_registries{graph.GetSchemaRegistry()};
Model model(model_proto1, &local_registries, logger);
onnxruntime::Model::Save(model, "/tmp/new_g.onnx");