Я бы посмотрел на фактический файл cookie, сохраняемый в вашем браузере. Первое, что приходит на ум, это тот факт, что в базовом файле, в котором хранятся ваши данные cookie, фактически есть только один файл - объекты cookie в вашем коде фактически кодируются как пары имя-значение в одном файле. В статье http://www.quirksmode.org/js/cookies.html есть некоторые подробные сведения о том, как данные на самом деле хранятся в файле cookie. (На самом деле это больше, чем пары имя-значение, поскольку он также поддерживает другие свойства cookie, такие как дата истечения срока действия и защищенный флаг, но в любом случае статья покажет вам этот формат.)
Я понял, что ваши java-вызовы должны писать правильно отформатированный файл cookie и генерировать для вас действительный массив объектов cookie. Но тот факт, что вы получаете один объект обратно, кажется мне подозрительным в свете основного формата данных cookie.
В прошлом я использовал Cookie Pal для проверки необработанных данных cookie, хотя на сайте упоминается поддержка IE6, поэтому я думаю, что это немного устарело.