Как нарисовать неквадратную матрицу корреляции, но кластеризовать узлы, такие как hclust или AOE - PullRequest
Новая
       49

Как нарисовать неквадратную матрицу корреляции, но кластеризовать узлы, такие как hclust или AOE

0 голосов
/ 24 апреля 2020

У меня есть неквадратная матрица корреляции, где я проверил, как коррелируют данные RB C и таксономии c от тех же самых людей. Мне нравится строить эту матрицу. Я могу построить с Corpplot. Но было бы здорово, если бы я мог кластеризовать узлы таксономии c. Кто-нибудь может мне помочь, пожалуйста!

Подмножество матрицы находится здесь: 

> dput(IF_spearman.cor)
structure(c(0.0139488064611124, -0.348582506027089, -0.391750694025204, 
-0.220902282123869, -0.106987896463077, -0.106987896463077, -0.106987896463077, 
-0.106987896463077, -0.106987896463077, -0.106987896463077, -0.125229084661441, 
-0.389497319088217, -0.0504698230497711, -0.244372442870472, 
-0.302365839272228, 0.0193221332568442, -0.2342669203152, -0.2342669203152, 
-0.2342669203152, -0.2342669203152, -0.2342669203152, -0.2342669203152, 
0.0418930243826651, -0.472090669424175, 0.138241317574524, -0.191884762754003, 
-0.330154947752361, 0.179405770288993, -0.0291865424799402, -0.0291865424799402, 
-0.0291865424799402, -0.0291865424799402, -0.0291865424799402, 
-0.0291865424799402, 0.183909633825957, -0.321859792722866, -0.111508902617985, 
-0.464712956420294, -0.467320562968103, -0.0141876853412107, 
-0.0486353192819717, -0.0486353192819717, -0.0486353192819717, 
-0.0486353192819717, -0.0486353192819717, -0.0486353192819717, 
-0.12239418609095, -0.535462552156123, 0.060934259803807, -0.229305417962925, 
-0.227681030406787, -0.145410447177868, -0.0875355516516088, 
-0.0875355516516088, -0.0875355516516088, -0.0875355516516088, 
-0.0875355516516088, -0.0875355516516088, -0.216874005709131, 
-0.201337171409283, -0.521962874471604, -0.233772986339747, -0.071317168712763, 
-0.527141343026989, -0.175312259260276, -0.175312259260276, -0.175312259260276, 
-0.175312259260276, -0.175312259260276, -0.175312259260276, -0.257358251857868, 
-0.272829642475276, -0.417829775804122, -0.386232939533527, -0.143878960052484, 
-0.193885014105954, 0.0973063211178082, 0.0973063211178082, 0.0973063211178082, 
0.0973063211178082, 0.0973063211178082, 0.0973063211178082, -0.252850947449226, 
-0.493686425197295, -0.432524390337481, -0.282260101923801, -0.100450035144191, 
-0.41618371255568, -0.0779452160016147, -0.0779452160016147, 
-0.0779452160016147, -0.0779452160016147, -0.0779452160016147, 
-0.0779452160016147, -0.215922110418732, -0.326603626406289, 
-0.322681673464082, -0.285843521918545, -0.000641812565373883, 
-0.268738141365579, -0.136208721957826, -0.136208721957826, -0.136208721957826, 
-0.136208721957826, -0.136208721957826, -0.136208721957826, -0.21069380758516, 
-0.127433626987382), .Dim = c(12L, 9L), .Dimnames = list(c("Actinomyces", 
"uncultured", "Bifidobacterium", "Corynebacterium", "Corynebacterium.1", 
"Lawsonella", "Rhodococcus", "Dermacoccus", "Kocuria", "Micrococcus", 
"Rothia", "Atopobium"), c("PA", "LNA", "LA", "OA", "SA", "EPA", 
"AA", "DHA", "DPA")))

Мне нравится рисовать корреляционный график с кластеризацией таксономических c узлов (как это можно сделать с помощью AOE или hclust в случае квадратной матрицы). Может кто-нибудь, пожалуйста, помогите? Заранее большое спасибо. С наилучшими пожеланиями, Супарна

...