Скорее всего, это потому, что файл .env находится в формате Windows / DOS. Можете ли вы сделать:
dos2unix .env
С концом строки DOS FST_TEST = 1 на самом деле FST_TEST = 1 \ r. \ r делает курсор go к началу строки, поэтому 1, которую вы видели, - это две 1, одна сверху другой. Во второй строке вы не ставили конец строки, поэтому проблем не было.