Просто проверьте часть, в которой вы устанавливаете цвет:
for (int u = 0; u <= 3; u++) {
for (int i = 0; i <= 3; i++) {
pixelWriter.setColor(u, i, all);
}
}
Как видите, вы всегда устанавливаете цвет пикселя в (0,0) - (3,3). Вам нужно использовать
pixelWriter.setColor(x + u, y + i, all);
Однако вы должны быть уверены, что не будете пытаться установить цвет некоторых пикселей вне изображения. Проверьте границы циклов по x, y, u и i.