Ваш писатель записывает каждую строку в файл.
Однако, поскольку вы заново открываете и усекаете файл перед каждой строкой, а вывод /usr/bin/sensors
заканчивается пустой строкой файл будет содержать только эту последнюю пустую строку в конце.
Самый простой способ убедиться в этом - попросить ваш FileWriter добавить вместо усечения:
BufferedWriter wr = new BufferedWriter(new FileWriter(file, true));
Если вы хотите файл, содержащий все выходные данные команды, но только если он отличается от последнего запуска, тогда очевидно, что вы не можете сделать это определение построчно. Вместо этого вам нужно прочитать все строки в строку и сравнить их с предыдущим прогоном.