Cowplot, общая легенда, интервалы идут неправильно при выводе в png - PullRequest
Новая
       69

Cowplot, общая легенда, интервалы идут неправильно при выводе в png

2 голосов
/ 03 апреля 2020

У меня проблема с объединением ggplots с использованием cowplot и ggpubr, что сводит меня с ума.

Проблема с легендой. Когда он отображается с исходным графиком сам по себе, интервал между элементами легенды (заголовок руководства, ключ, метка ключа) абсолютно точен.

Однако, если я извлекаю легенду из исходного сюжета и затем отобразите его в комбинированном графике (используя plot_grid из cowplot или ggarrange из ggpubr ), после чего интервал станет беспорядочным. Чем длиннее текст, тем больше увеличивается интервал.

Что здесь не так, и как мне это исправить, чтобы легенда в комбинированном сюжете выглядела точно так же, как в оригинальном отдельном сюжете?

Пример

В этом примере используется ggarrange из ggpubr ; мои результаты с get_legend и plot_grid с использованием cowplot аналогичны. Названия процедур полностью составлены. 

library(survival)
library(broom)
library(dplyr)
library(foreach)
library(ggpubr)

fit <- survfit(Surv(time,status == 2) ~ trt + sex, data=pbc)

time.xticks <- seq(0, 4000, 1000)
delta <- 0.00001

# Survival plot

kmdata <- tidy(fit) %>%
  mutate(trt=factor(gsub('trt=(.*),.*','\\1',strata)),
         sex=factor(gsub('.*sex=(.*)','\\1',strata), levels=levels(pbc$sex)))

p1 <- ggplot(data=filter(kmdata, time<=max(time.xticks)), aes(x=time, y=estimate, colour=sex, linetype=trt)) + geom_step() +
  scale_x_continuous(breaks = time.xticks,
                     limits = c(min(time.xticks), max(time.xticks))) +
  scale_colour_discrete(name="Sex", labels=c("Male","Female")) +
  scale_linetype_discrete(name="Treatment group", labels=c("Zyxatrxilbroh 35 mg", "Placebo 35 mg")) +
  theme(legend.position = "bottom", legend.box = "horizontal",
        legend.background = element_rect(fill="grey90", colour="black", size=0),
        legend.key.height=unit(0.2, "cm"),
        text=element_text(size=18))

tardata <- foreach(s=unique(kmdata$strata), .combine="rbind") %do% {
  filter(kmdata, strata==s)[findInterval(pmax(0, time.xticks-delta), filter(kmdata, strata==s)$time)+1,] %>%
    bind_cols(tibble(time.xticks))
} %>%
  mutate(ypos = -((as.integer(sex)-1)*(length(unique(pbc$trt))+2) + as.integer(trt) + 1))

tarheads <- tibble(xpos=0,
                   ypos=-(((1:length(unique(pbc$sex))) - 1)*(length(unique(pbc$trt)) + 2) + 1),
                   lab=levels(pbc$sex))

risk.yticks <- sort(unique(tardata$ypos))
risk.ylabels <- rep(rev(paste("trt =",levels(kmdata$trt))), length(unique(kmdata$sex)))

# Number-at-risk table

p2 <- ggplot(data=tardata, aes(x=time.xticks, y=ypos, label=n.risk, colour=sex)) + geom_text() +
  geom_text(data=tarheads, aes(x=xpos, y=ypos, label=lab), colour="black", hjust="left") +
  scale_x_continuous(breaks = time.xticks,
                     limits = c(min(time.xticks), max(time.xticks))) +
  scale_y_continuous(breaks = risk.yticks,
                      labels = risk.ylabels) +
  theme(text=element_text(size=18))

# put the two together

p.comb <- ggarrange(p1, p2, heights = c(2, 0.8), ncol=1,
                   align="v", common.legend = TRUE, legend="bottom")


# alternate version with guide headings at the top left instead of at the side
p1.a <- p1 + guides(colour = guide_legend(order=1,
                                          title.position = "top",
                                          title.hjust = 0),
                    linetype = guide_legend(order=1,
                                            title.position = "top",
                                            title.hjust = 0))

p.comb.a <- ggarrange(p1.a, p2, heights = c(2, 0.8), ncol=1,
                      align="v", common.legend = TRUE, legend="bottom")

# send to png
png("test-p1.png", width=8, height=4.5, units="in", res=200, type="cairo")
plot(p1)
dev.off()

png("test-pcomb.png", width=8, height=4.5, units="in", res=200, type="cairo")
plot(p.comb)
dev.off()

Результаты

Отдельный сюжет с правильным интервалом легенды

Комбинированный сюжет с расстоянием между легендами расширился настолько, что легенда больше не вписывается в изображение

...