Работает нормально
reshape::cast(mdata, id ~ variable, sum)
# id x1 x2
#1 1 8 11
#2 2 8 5
Единственное возможное объяснение - маскирование функции sum
под тем же именем функции из других загруженных пакетов
data
mdata <- structure(list(id = c(1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L, 2L), time = c(1L,
2L, 1L, 2L, 1L, 2L, 1L, 2L), variable = c("x1", "x1", "x1", "x1",
"x2", "x2", "x2", "x2"), value = c(5L, 3L, 6L, 2L, 6L, 5L, 1L,
4L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -8L))