Если вы согласны потерять слияние, вы можете попробовать
df.to_excel('filename', merge_cells=False)
Иначе, вы можете попытаться выполнить сброс_индекса вашего фрейма данных перед экспортом.
df.reset_index(inplace=True)
df.to_excel('filename', index=False )
Или вы хотите чтобы объединить другие столбцы (поскольку вы не будете использовать фильтры, вы можете сбросить только индекс по идентификатору сайта:
df.reset_index('SITE-ID', inplace=True)
df.to_excel('filename' )
В противном случае у вас есть единственное решение - обходной путь: Фильтрация Excel для объединенных ячеек Но я не думаю, что вы согласны с этим