Самый простой вариант (не касаясь вашего запроса) - создать «табличное выражение», которое будет включать новый именованный столбец (построенный на лету), чтобы вы могли использовать его в основном запросе.
Например:
select *
from ( -- your query as table expression "x" here
select
id,
DATEDIFF(minute, transactionHeader.clerkDateTime, getDate()) as timeAssigned
from transactionHeader
where timeAssigned > 5
) x
where timeAssigned > 5 -- your extra filtering condition here