совместное использование блокнота Jupyter на сервере

Question

Я сделал блокнот Jupyter, который может читать файлы hdf5 и использовать некоторые функции для анализа данных. Я хотел бы поместить этот блокнот jupyter на сервер, содержащий различные файлы hdf5, и сделать его доступным для людей, которые работают в других местах. Примером функций было бы видеть выражение некоторых генов в образце. Эти люди могут открыть этот блокнот jupyter и добавить список специфических c генов для просмотра. Я смотрю на JupyterLab, но вижу, что люди могут читать и изменять ноутбук. Я хотел бы, чтобы даже если они его модифицируют, когда они заканчивают sh, ноутбук остается таким же, каким был до открытия. Как вы думаете, это возможно сделать? Я думаю, что я мог бы сделать это локально с «только для чтения», но я не знаю, как сделать это на jupyterLab.

Я новичок ie для вещей, связанных с серверами. Буду очень признателен за вашу помощь и предложения.

Большое спасибо:)

Answer 1

Некоторые предложения:

Вы можете снабдить ноутбук через ресурс совместного использования кода, такой как GitHub, и позволить им клонировать / копировать / загружать его по своему усмотрению через свои собственные ресурсы. Это гарантирует, что они не меняют ваш исходный блокнот. И вам не нужно беспокоиться о вычислительных ресурсах, потому что они могут запускать их там, где они предпочитают, например, в своем собственном кластере или в облачном центре.

Как правило, я бы предложил проект MyBinder на https://mybinder.org/ для того, что вы описываете, поскольку оно позволяет вам делиться временными активными сеансами, которые запускаются на удаленных серверах. Вы настраиваете Github-репозиторий с записными книжками и данными или способ извлечения данных, встроенных в записную книжку, и при запуске временного сеанса пользователи могут работать через вашу записную книжку. Таким образом, они могут расширять, модифицировать и запускать свои собственные данные, а не изменять исходную записную книжку. Тем не менее, ресурсы ограничены, так как это бесплатно, см. здесь .

Примеры:

• решение для транспорта наносов
• Разрешение парадокса неопределенности измерений в экологическом менеджменте
• Краткое введение в RNAseq
• bendit-binder
• Blast-Binder

Я видел, как другие используют Code Ocean, см. Пример здесь .

Там другие центры, финансируемые государством / государством, которые предоставляют аналогичные услуги и ресурсы, которые могут использоваться другими. CyVerse - это тот, который сейчас работает в Соединенных Штатах и ​​в нескольких местах, таких как CyVerseUK в сотрудничестве с Институтом Эрлхэма и в других местах . Они предлагают ноутбуки для обслуживания через свои приложения VICE в их среде Discover. Их ресурс обеспечивает большую вычислительную мощность и объем памяти, чем бесплатный сервис publi c MyBinder.