Давайте проверим ваш случай без CLI, чтобы эмулировать таблицу, заполненную данными, поступающими извне:
echo '{"message": "Hello \"to\" you!"}' | clickhouse-client \
--password 12345 \
--query="INSERT INTO test.json_001 SELECT json FROM input('json String') FORMAT CSV"
create database test;
create table test.json_001 (json String) Engine=Memory;
Получить необходимые данные:
clickhouse-client \
--password 12345 \
--query="SELECT JSONExtractRaw(json, 'message'), JSONExtractString(json, 'message') FROM test.json_001"
# result:
# "Hello \\"to\\" you!" Hello "to" you!
SELECT
JSONExtractRaw(json, 'message'),
JSONExtractString(json, 'message')
FROM test.json_001
/* result
┌─JSONExtractRaw(json, 'message')─┬─JSONExtractString(json, 'message')─┐
│ "Hello \"to\" you!" │ Hello "to" you! │
└─────────────────────────────────┴────────────────────────────────────┘
*/
Работает как должно. Я не вижу никаких проблем.