Файл не найден при использовании fileinput для замены шаблона в файле

Question

Я пытаюсь написать python код, который просматривает файлы '.fa' в каталоге, находит каждую строку, начинающуюся с ">", и заменяет всю строку частью имени файла плюс число, представляющее подстановку. Число * '> BGC0001830.1_ORF2 MTDEESLWIRRFHPCPQAEIQLVCLPHAGGSASYFFPMSRALTPAVEVLSVQYPGRQDRRHEPCIENLSELADRVFDAIQGQTNRPLALFGHSMGA

1013 * Ожидаемый результат: 1017 *'> XXX_YYY_contig1 MYVTAPDRIGEVQLSDGRLLGWAEWGTPDGTPVLFSPGAATSRWLGFGAEVIDRLGVRLVSVDRPGLGASTPLPGRTFADFVADLQQFTTMRELGR 1019 * '> XXX_YYY_contig2 MTDEESLWIRRFHPCPQAEIQLVCLPHAGGSASYFFPMSRALTPAVEVLSVQYPGRQDRRHEPCIENLSELADRVFDAIQGQTNRPLALFGHSMGA

---

Мне удалось написать код ниже, но у меня появляется следующая ошибка, и я не понимаю, почему:

FileNotFoundErr или: [Errno 2] Нет такого файла или каталога: 'XXX_YYY_ZZZ.fa'

import os
import fileinput
import sys
import re

os.getcwd()
entries = os.listdir("/../")

i=1
for filename in entries:
    with fileinput.FileInput(filename, inplace=False) as file:
        name = fileinput.filename()
        x=name.split('_')
        x[0:2] = ['_'.join(x[0:2])]
        final=str(x[0])
        for line in file:
            i+=1
            if line.strip().startswith(">"):
                title=">{}_contig{}\n".format(final, i)
                line = re.sub(title)
            sys.stdout.write(line)