Вы должны l oop назад при удалении строк, иначе вы можете пропустить строки. Следовательно, вы также должны переключиться на счетчик в вашем l oop.
Sub x()
Dim Codex As Range, i As Long
Set Codex = Worksheets("Centerlines Tracking").Range("D5", Range("D5").End(xlDown))
For i = Codex.Count To 1 Step -1
Select Case Codex.Cells(i)
Case "AD001", "AD002", "AD015", "AD031", "AD005", "AD035", "AD100", "AD107", "AD108", _
"AD152", "AD173", "CO017", "CO081", "CO102", "CO035", "CO169", "CR003"
'do nothing
Case Else
Codex.Cells(i).EntireRow.Delete
End Select
Next i
End Sub