Высокая экспрессия в R? Как сообщить о количестве генов, которые были высоко выражены

Question

У меня есть данные по экспрессии генов в семенах. Я пытаюсь вычислить количество генов, которые были высоко выражены в семенных образцах. Я хочу сообщить о количестве генов, которые превышают 50. Любой совет поможет. А вот и мой код:

##### Read gene annotations ######
annotations=read.delim("gene_description.txt",
                   as.is=TRUE,quote="",
                   sep="\t")

##### Read counts per gene ######

# each sample group has three replicates
#sample names look like:
#   GroupName.Number
# For example:  
#YLf.1, YLf.2, YLf.3 for YLf (young leaf)
counts_filename='counts.txt'
counts=read.delim(counts_filename,as.is=TRUE,
              sep='\t',row.names="gene")


 # read sample information
 # each row is a sample
 sample_info=read.delim("samples.txt",as.is=TRUE,sep="\t",
                   header=TRUE,comment.char = '#',
                   row.names = "sample_name")


 # check that sample_info row names match 
 # counts column names
 row.names(sample_info)==names(counts)


 #https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/edgeR.html


 # load EdgeR library 
 library(edgeR)

 # make a Differential Gene Expression list - contains
 # counts matrix and samples data frame with metadata
 # about the experiment
 sample_groups=sample_info$group
 big_DGEList=DGEList(counts=counts,group=sample_groups,
              remove.zeros = TRUE)

 ##### Exploratory Data Analysis ######



 ##### Compute normalized expression pers sample ######

 fpm=cpm(counts)