Эта информация действительно хранится в файле .idea/workspace.xml
внутри проекта:
<component name="RunAnythingCache">
<option name="myCommands">
...
</option>
</component>
Обратите внимание, что файл рабочей области можно переместить в системный каталог IntelliJ IDEA в проекте на основе Maven, если у вас есть возможность сохранять сгенерированные файлы проекта извне включена.
В этом случае вы найдете файл рабочей области здесь:
idea.system.path \workspace\<project_name>.<hash>.xml
При изменении этих файлов убедитесь, что IDE не запущена или проект закрыт.